En 1810 la Regencia Provisional, en atención a su cualificación científica, autorizó al centro gaditano a otorgar por sí mismo los grados académicos de Licenciado y Doctor en medicina. Pero, por otra parte, la creación de la Biblioteca de las Cortes, supuso la cesión obligada de importantes fondos de la biblioteca del Colegio para la nueva entidad bibliotecaria. Las Cortes de 1821 erigieron al colegio de Cádiz en Escuela Especial de Ciencias Médicas (o de Curar).

Tras el fin del Trienio, desde 1823 y dentro de los avatares desgraciados que sufrió la ciudad, castigada por Fernando VII la Escuela gaditana sufrió un proceso decadente hasta 1828, año en que una comisión de catedráticos se trasladó a Madrid y consiguió la aprobación del Reglamento Interino de 1829 que supuso el camino de la recuperación.

Por fin, por Real Orden de 31 de octubre de 1831, se estipuló la separación entre el Real Colegio de Cádiz y el Cuerpo de Médicos y Cirujanos de la Armada, quedando el Colegio como centro civil, convertido en 1836 en Colegio Nacional de Medicina y Cirugía.