En 1734 la corona francesa decidió enviar a América una comisión científica para medir el grado medio del Ecuador y así poder corregir la figura que de la tierra se tenía entonces, para ello se solicitó permiso a la corona española para realizar las mediciones en el Virreinato de la Plata, y se concedió el permiso con la condición de que participaran en dicha comisión dos científicos españoles.

Los escogidos fueron los caballeros Guardias Marinas Jorge Juan y Antonio de Ulloa. Quienes zarparon de Cádiz en Mayo de 1735, incorporándose a la comisión francesa el 11 de Noviembre, con la cual se dirigieron a Quito para iniciar las observaciones.

Este viaje fue decisivo para el desarrollo de la armada científica en España. Tras su regreso Jorge Juan escribe una carta al Marques de la Ensenada, fechada el 26 de diciembre de 1749, en la que le proponía la creación de un observatorio para que los oficiales de la Armada conocieran la Astronomía.

Y en el torreón principal del castillo de Cádiz, sede del Colegio de Guardamarinas, se instaló el Observatorio Astronómico de la Marina, que ya en 1753, con la llegada de los primeros instrumentos encargados por Jorge Juan, comenzó sus actividades científicas.

El Observatorio fue trasladado a San Fernando en 1798. Su seno se creó en 1927, una sección del Servicio Hidrográfico de la Armada -cuyo precedente más remoto se puede remontar al servicio de cartas de la Casa de la Contratación-, que fue trasladado a Cádiz como entidad independiente en 1943.