En 1717, seguramente en el mes de febrero se abrió en Cádiz la Academia de la Real Compañía de Guardias Marinas, posiblemente por orden de Alberoni, aunque se ha atribuido a Patiño la fundación.

Se instaló en el antiguo castillo de la villa medieval.
El establecimiento de la Academia es consecuencia directa de la Real Cédula de 21 de febrero de 1714, que creó la Real Armada, donde ya se destacaba la necesidad de contar con oficiales bien formados y preparados.

Nombrado José Patiño Intendente General de la Armada el 28 de enero de 1717, fue encargado del desarrollo de la Academia y firmante de las “Instrucciones para el gobierno, educación, enseñanza y servicio de los Guardias Marinas y obligación de sus oficiales y maestros de facultades que han de tener fuerza de Ordenanza hasta que S.M determine otra cosa”. (15 de abril de 1718).